De ALGcontrol gebruikt fluorescentie-excitatie voor detectie. Wanneer chlorofylmoleculen licht absorberen, wordt een fractie van de geabsorbeerde energie opnieuw uitgezonden als fluorescentie. Algen van dezelfde klasse bevatten een vergelijkbare hoeveelheid en kwaliteit pigmenten, hun fluorescentie-excitatiespectrum (met een vaste emissiegolflengte op 680 nm) is significant. Het is dus mogelijk om delen van algen te onderscheiden door hun fluorescentie-excitatiespectrum. Andere fluorescerende materie (bijvoorbeeld DOM = opgeloste organische stoffen gemeten met een golflengte van 365 nm en troebelheid, gemeten met een golflengte van 710 nm) worden gedetecteerd om de nauwkeurigheid van de ALG-regeling te verbeteren.

LED's voor excitatie van fluorescentie

De ALGcontrol gebruikt 7 Light Emitting Diodes of LED's voor fluorescentie-excitatie. De LED's zenden licht uit op 7 geselecteerde golflengten (365 nm, 450 nm, 525 nm, 570 nm, 590 nm, 615 nm en 710 nm). De leds in l worden een voor een met hoge frequentie ingeschakeld. Het fluorescentiesignaal voor elke LED wordt gemeten en gemiddeld gedurende een vooraf bepaalde tijd. De concentratie van de algen wordt berekend en de resultaten worden in een grafiek weergegeven. Correctie voor andere fluorescerende zaken (DOM en troebelheid) wordt ook automatisch berekend.
De ALGcontrol kan ook worden geïntegreerd in de TOXcontrol om algen- en toxiciteitsbewaking in één monster te hebben.